Во время строительства плотины Куробэ, был обнаружен неизвестный древний артефакт. С целью его изучения, был создан научно-исследовательский институт Куробэ Организации Объединенных Наций. Самые выдающиеся ученые со всего мира собрались, чтобы изучить предмет, а их дети обучаются в особой школе, в том числе дочь главы института, Юкина Ширахане. А летом 2016 года, пробуждается некий одинокий самурай.